例えばサイトのお知らせに更新したページへのリンクだけを設定し、本文がない場合はHTMLファイルを生成しない、というケースです。URLマップの編集画面でURLマップ欄の内容が空になるように設定することで、該当するオブジェクトのHTMLファイルは生成されません。
以下はlink_urlカラムに値がある場合はHTMLファイルを生成しない例です。
<mt:unless name="link_url">entry/<mt:entryid />.html</mt:unless>補足ですが、URLマップ欄ではMTVarタグでカラムの値が取得できます。