regex_replaceで検索を行うパターンや置換文字列の指定に<・>・"を含めることはできません。これらの文字を含めるとテンプレートのパース時にエラーが発生して正しい解釈ができなくなるため、「<mt:if>タグが閉じられていません」等の意図しないエラーが発生する原因となります。
検索を行うパターンや置換文字列の指定に<・>・"を含めたい場合は、MTSetVarBlockで一旦変数に格納してregex_replaceの属性値に渡します。
<mt:setvarblock name="replace_pattern"><span>([^>]+)<\/span></mt:setvarblock>
<mt:entrytext regex_replace="'$replace_pattern',''\$1" />