管理画面のスキーマ管理で複数モデルにアップグレードがある場合、「複数のモデルをまとめてアップグレードすることは推奨しません。アップグレードは1つずつ行うようにしてください。」と注意喚起メッセージが表示されます。これはタイムアウトによりデータベースの変更（ALTER TABLEクエリ）が正しく終了しない可能性があるためです。
以下のようにコマンドラインツールupgrader.phpの引数--modelsにアップグレードしたいモデル名をカンマ区切りで指定して実行すると、まとめてアップデートすることができます。PHPのドキュメントに依れば、コマンドラインから実行する場合のmax_execution_timeのデフォルト設定は0です。実行ユーザー（下記例ではapache）は適宜変更してください。
cd /path/to/powercmsx
sudo -u apache php ./tools/upgrader.php --models modelA,modelB,modelC