環境変数performance_loggingを有効にした時log/performance.logに記録される時間は、Prototypeクラスのpublishメソッドの中でPAMLクラスのbuildメソッドをコールして実行に要した時間、つまりテンプレートのソースからビルドするのに要した時間です。
テンプレートをビルドするとPHPコードが実行されて各タグの処理が行われるので、データベースにアクセスしクエリを発行する時間が含まれます。テンプレートをビルドした後に実行されるファイルへの出力時間は含みません。
※処理の中でfile_put_contentsを利用する独自のタグを作成してビューに設置した場合、その独自のタグによりファイルを出力する時間は含まれます。