conditions属性値の配列に同じカラム名を複数回記述しても、最後に記述したカラム名とフィルタ条件しか適用されません。つまり、下記のように記述した場合は2025年だけの記事が抽出されるのではなく、2025年12月31日23時59分59秒以前の全ての記事(2024年なども含まれる)が抽出されます。
<mt:sethashvars name="conditions">
published_on=ge,2025-01-01 00:00:00
published_on=le,2025-12-31 23:59:59
</mt:sethashvars>
<mt:entries conditions="$conditions">
<li><mt:entrytitle escape /> (<mt:entrypublishedon format_ts="Y-m-d" />)</li>
</mt:entries>
日付の範囲を指定したい場合はプラグインで独自のモディファイアを作成して対応すること等が代替案として考えられます。