URLマップのファイル出力が「キュー」になっていることが考えられます。該当するURLオブジェクトはスケジュールされたタスク（定期実行タスク・worker.php）により再構築が行われます。
ポップアップの再構築を実行するとURLオブジェクト（urlinfoモデルのオブジェクト）のキーに「rebuild_phase」がセットされ、パブリッシュのチェックが外れた状態になりますので、一覧画面でフィルタリングするとこれから再構築されるオブジェクトを確認することができます。
キューによる再構築に要する時間は、環境変数「parallel_publish_queue」や「publish_queue_limit」の設定により変化します。